Ξεπλένουμε το φιλέτο και το τοποθετούμε στο ταψί μαζί με τις πατάτες και αλατοπιπερώνουμε.
Βάζουμε σε ένα τηγάνι το ελαιόλαδο να κάψει , προσθέτουμε τα κρεμμύδια έως ότου μαραθούν και στη συνέχεια προσθέτουμε τις ντομάτες , το σκόρδο , το θυμάρι , το λεμόνι , το νερό και αφήνουμε να βράσουν για περίπου 15 λεπτά σε μέτρια φωτιά.
Περιχύνουμε την σάλτσα στο ταψί με το φιλέτο πέρκας και τις πατάτες, πασπαλίζουμε με μαϊντανό και το βάζουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 200oC για περίπου 45 λεπτά